Er zijn verschillende soorten zeecontainers die zijn ontworpen voor specifieke soorten lading.

De meest voorkomende is de standaard droge container (dry van) die wordt gebruikt voor algemene, niet-geconditioneerde goederen.

High-cube containers zijn varianten van standaardcontainers met extra hoogte voor volumineuze goederen.

Koelcontainers (reefers) zijn geïsoleerde containers met temperatuurregeling, ideaal voor het transport van bederfelijke goederen.

Open-top containers hebben een open dak, afgesloten met een zeil, en zijn geschikt voor lading die niet door de deuren past.

Flat-rack containers hebben geen zij- of bovenpanelen, waardoor ze ideaal zijn voor grote, zware goederen zoals machines en voertuigen.

Tankcontainers zijn ontworpen voor vloeistoffen en gassen en voldoen aan strikte veiligheidsnormen.

Bulkcontainers zijn speciaal ontworpen voor het transport van onverpakte droge bulkgoederen, zoals granen.

Daarnaast zijn er speciaal aangepaste containers, zoals offshore containers voor de olie- en gasindustrie en containers voor gevaarlijke goederen, die vaak zijn voorzien van speciale ventilatie- en veiligheidskenmerken.