Voor grote en ongewone ladingen die niet passen in standaardcontainers, worden gespecialiseerde containers gebruikt zoals open-top containers, flat-rack containers, en platformcontainers.

Open-top containers hebben een open dak dat met een zeil kan worden afgedekt, waardoor het mogelijk is om ladingen die niet door de deuropening passen vanaf de bovenkant te laden.

Flat-rack containers hebben geen zij- of bovenpanelen en zijn geschikt voor zeer grote of zware goederen, zoals machines, voertuigen of grote constructieonderdelen.

Platformcontainers bestaan uit enkel een bodemplaat en zijn ideaal voor ladingen die ongebruikelijke vormen hebben of niet in een standaard container passen. Voor het transport van deze ladingen worden vaak extra veiligheidsmaatregelen genomen, zoals verstevigingen, lashings, en het plaatsen van de container op een speciaal vervoersmiddel, zoals een schip met aanpassingen voor zwaar transport.