Een opslagcontainer en een transportcontainer verschillen vooral in gebruik en soms in ontwerp.

Opslagcontainers zijn bedoeld voor langdurige, vaste opslag van goederen op een bepaalde locatie en hoeven niet per se te voldoen aan dezelfde internationale transportnormen als transportcontainers.

Opslagcontainers kunnen aanpassingen hebben, zoals extra ventilatie of isolatie, omdat ze vaak voor lange periodes op dezelfde plaats blijven staan.

Transportcontainers daarentegen zijn ontworpen om goederen over lange afstanden en met verschillende transportmodaliteiten te verplaatsen.

Ze moeten voldoen aan de CSC-certificering en andere normen voor veiligheid en stevigheid, omdat ze bestand moeten zijn tegen ruwe omstandigheden op zee en tijdens transport.

Hoewel veel gebruikte transportcontainers later worden verkocht als opslagcontainers, mogen omgekeerd niet alle opslagcontainers worden gebruikt voor transport zonder aanvullende inspecties en certificeringen.