Zeecontainers worden op verschillende manieren vervoerd, afhankelijk van de afstand en de vereisten van de lading.

Over zee is de meest voorkomende transportmethode voor lange afstanden; containers worden gestapeld op vrachtschepen die ontworpen zijn om duizenden containers tegelijk te vervoeren.

Voor vervoer over land worden containers vaak per spoor en weg verplaatst. Spoortransport is geschikt voor lange afstanden en kan containers snel en kostenefficiënt vervoeren.

Voor kortere afstanden en het laatste deel van de transportketen wordt vaak wegtransport (vrachtwagens) gebruikt, wat flexibiliteit biedt bij het afleveren van containers op locaties zonder spoorinfrastructuur.

Hoewel minder gebruikelijk, kunnen containers ook per lucht worden vervoerd, maar dit is beperkt tot speciale luchtvrachtcontainers die lichter en kleiner zijn dan standaard zeecontainers.

Luchttransport is de duurste optie en wordt meestal gereserveerd voor spoedeisende goederen of kostbare, lichte ladingen die snel geleverd moeten worden.

Deze verschillende modaliteiten maken containers tot een veelzijdige optie voor wereldwijd transport, en het intermodale ontwerp zorgt ervoor dat containers eenvoudig van het ene transportmiddel naar het andere kunnen worden overgebracht zonder herladen.