In havens worden containers gestapeld en opgeslagen op terminals in een zorgvuldig georganiseerd systeem dat ruimte en efficiëntie optimaliseert.

Containers kunnen tot wel 7 of 8 lagen hoog worden gestapeld, afhankelijk van de stabiliteit van het schip of de terminalinfrastructuur.

Twistlocks worden gebruikt om de containers aan elkaar vast te zetten, waardoor een stevige stapel ontstaat die niet zal verschuiven tijdens transport.

Op schepen worden containers ook verankerd met lashings om beweging door golven of wind te beperken.

In terminals wordt de opslag meestal georganiseerd met reachstackers of kranen die containers optillen en stapelen.

Er zijn ook terminals die volledig geautomatiseerd zijn, waarbij onbemande voertuigen en kranen containers stapelen en verplaatsen volgens een logistiek plan dat wordt aangestuurd door computersystemen.

In drukke havens worden containers vaak tijdelijk opgeslagen in ‘stacks’ of rijen totdat ze klaar zijn voor vervoer, waarbij een geavanceerd trackingsysteem bijhoudt waar elke container zich bevindt voor efficiënt laden en lossen.