Voor het transport van voedsel zijn zeecontainers aan strenge hygiëne-eisen gebonden om besmetting en bederf te voorkomen.

Containers worden grondig gereinigd met hogedrukreinigers en milieuvriendelijke reinigingsmiddelen die geschikt zijn voor voedingsmiddelen.

Na de eerste reiniging worden ze vaak gespoeld met water om resten van schoonmaakmiddelen te verwijderen. Voor gekoelde containers (reefers) wordt soms een stoomreiniging toegepast, die diepere reiniging biedt en bacteriën verwijdert.

Voor het transport van organisch voedsel of andere temperatuurgevoelige producten wordt de container vaak ook gedesinfecteerd met goedgekeurde producten om bacteriën en schimmels te elimineren.

Na reiniging en desinfectie wordt de container vaak geïnspecteerd om te garanderen dat er geen vuil of geurtjes zijn achtergebleven.

Sommige containers krijgen ook een fytosanitair certificaat wanneer ze worden gebruikt voor de export van voedselproducten, wat betekent dat de container voldoet aan de hygiëne- en veiligheidsnormen voor internationale handel.