Het laden en lossen van een zeecontainer vereist nauwkeurige planning en gebruik van speciale apparatuur.

Kranen worden vaak gebruikt om containers van en op vrachtschepen te hijsen. In havens met geautomatiseerde terminals worden containers door robots en geautomatiseerde kranen op vrachtwagens of treinen geplaatst.

Voor kleinere transporten wordt vaak gebruik gemaakt van reachstackers of heftrucks om containers te verplaatsen.

Tijdens het laden is het belangrijk om de lading goed te verdelen en vast te zetten, om beweging tijdens transport te minimaliseren en beschadiging van de lading te voorkomen.

Vaak wordt lading gestabiliseerd met behulp van spanbanden, balken, en luchtkussens om verschuiving te voorkomen.

Lossen vereist ook zorgvuldigheid, omdat de lading mogelijk verschoven is tijdens het transport.

Bij het lossen wordt de container gecontroleerd op schade of afwijkingen, voordat deze opnieuw kan worden verzonden of leeg wordt teruggebracht naar een opslagplaats.